一、当事人申请法院整体回避如何处理
１、当事人申请法院整体回避的，则应当就该案件更换法院进行管辖。根据《刑事诉讼法》的相关规定，上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
２、法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第二十六条几个同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
第二十七条上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
第二十八条专门人民法院案件的管辖另行规定。
二、刑事案件回避的情形有哪些
申请回避是诉讼当事人的诉讼权利，当事人对于审判人员、检察人员、侦查人员、书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等有权提出回避申请。
１、审判和执行人员的回避理由：
当事人及其法定代理人在诉讼中，发现审判人员（执行人员）具有下列情形之一的，有权要求他们回避：
（１）是本案的当事人或者与当事人有直系血亲、三代以内旁系血亲及姻亲关系的；
（２）本人或者其近亲属与本案有利害关系的；
（３）担任过本案的证人、鉴定人、勘验人、辩护人、诉讼代理人的；
（４）与本案的诉讼代理人、辩护人有夫妻、父母、子女或者同胞兄弟姐妹关系的；
（５）本人与本案当事人之间存在其他利害关系，可能影响案件公正处理的。
２、书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人的回避理由：
当事人有权在下列情况下，对书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等用口头或者书面方式申请他们回避：
（１）是本案当事人或者当事人、诉讼代理人的近亲属；
（２）与本案有利害关系；
（３）与本案当事人有其他关系，可能影响对案件公正审理的。
综上所述为了排除当事人对民事诉讼程序公正性的合理怀疑，申请法院的全体法官回避的，可以向法院提出回避申请。针对这种情形，如果法院整体人员都需要回避的，就代表这一法院不适合管辖这一案件，那么就可以适用指定管辖制度。
