二套房的契税缴纳问题都是当地税务机关自行规定的，通常情况下，如果二套房的房屋面积小于90平米，契税是1%，面积大于90平米的契税是2%，但《中华人民共和国契税暂行条例》明确规定，契税税率由地方人民政府规定并报送国家税务总局备案。
房地产的契税每个地方不同，一般根据当地税务局要求来缴纳。一般来说二套房:面积小于等于90平米，契税税率1%;面积大于90平米，契税税率为2%;三套房及以上套数，非普通住房按3%缴纳。实际执行中每个省会有一些差异。
《中华人民共和国契税暂行条例》
第三条 契税税率为3—5%。
契税的适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的幅度内按照本地区的实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。
第四条 契税的计税依据:
(一)国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖，为成交价格;
(二)土地使用权赠与、房屋赠与，由征收机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格核定;
(三)土地使用权交换、房屋交换，为所交换的土地使用权、房屋的价格的差额。
前款成交价格明显低于市场价格并且无正当理由的，或者所交换土地使用权、房屋的价格的差额明显不合理并且无正当理由的，由征收机关参照市场价格核定。
二、上海二套房贷款政策有哪些规定?
根据《上海市人民政府批转的通知》，经上海市住房公积金管理委员会第二十七次全体会议批准，自本通知发布之日起，本市住房公积金个人贷款政策作如下调整:
1、对购买首套自住房且套型建筑面积在90平方米(含90平方米)以下或按规定购买本市经济适用住房的家庭，其住房公积金贷款首付款比例不低于20%;对购买首套自住房且套型建筑面积在90平方米以上的家庭，其住房公积金贷款首付款比例不低于30%。每户家庭住房公积金最高贷款限额为60万元。
2、对为改善居住条件购买第二套住房的，每户家庭住房公积金最高贷款限额为40万元。贷款首付款比例不低于50%。暂停对购买非改善型第二套住房家庭的住房公积金贷款。
3、停止对购买第三套住房及以上家庭住房公积金贷款。
4、对于购买首套住房的认定，以借款人家庭从未使用过住房公积金贷款购房，及由借款人提供经房管部门认定的其家庭成员(包括借款人、配偶及未成年子女)名下无成套住房登记为依据。
5、对于购买改善型第二套住房的认定，以借款人家庭成员(包括借款人、配偶及未成年子女)名下在房管部门登记信息反映实际仅持有一套住房，且人均住房建筑面积低于统计部门公布的上一年度全市人均住房建筑面积为依据。
6、关于购房家庭申请组合贷款中住房套数的认定和贷款首付比例，以组合贷款受理银行执行的相关规定为准。
7、各单位应严格执行上述规定，加强贷款审核。市公积金管理中心将对住房公积金贷款受理情况实施后台监控和随机抽查，若查实违规操作的，将追究贷款受理单位和相关人员的责任。
一线城市的限购政策还是非常严格的，如果购买二套房，不管是贷款方面还是税费方面，要求都比较高，对于二套房的契税问题，买房子的时候可以咨询开发商，开发商都会详细告知客户。
