法律分析：一、劳动合同扣工资怎么办理
去劳动保障行政部门举报，对于用人单位有克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬行为的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
劳务派遣公司克扣工资是违法的，劳动者可以去当地劳动监察大队投诉，或者去劳动争议仲裁部门申请劳动仲裁，主张限期支付克扣、拖欠工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第六十条劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。劳务派遣单位和用工单位不得向被派遣劳动者收取费用。
二、劳动合同合法克扣工资的情形
在《劳动合同法》中，用人单位扣减工资有了统一规定，四种情况下，用人单位可以合法扣减职工工资，并明确扣减的额度限制。
1、职工因个人主观原因没有完成生产任务，并非身体问题等所致，单位可扣减其工资。扣后工资不能低于本市最低工资标准。
2、职工违反劳动纪律，并造成单位损失时。单位因此扣减工资，每月扣减比例必须小于该职工月工资的20%。
3、职工请事假，按照缺勤一天扣一天的工资计算。
4、职工请病假，按照病假工资发放，可以扣减其绩效或生产性奖励等。
三、克扣员工工资的法律后果
1、责令改正赔偿
用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的，用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。劳动者若要获得此种权利保障，可以向劳动行政部门寻求权利救济。
2、合同解除经济补偿
用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以立即解除劳动合同，并且在这种情况下，用人单位需要按照法定标准向劳动者支付经济补偿。劳动者若要获得此种权利保障，可以向劳动争议仲裁委员会和人民法院寻求权利救济。
综上所述，劳动合同约定工资待遇标准，除非存在法定允许克扣员工工资的情形之外，用人单位克扣员工工资都是非法的，拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令，用人单位拒不履行将受到严厉处罚。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第六十条劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。劳务派遣单位和用工单位不得向被派遣劳动者收取费用。
