律师解答：
一、两者的报销种类不同：一档不建立个人帐户，统筹基金按照职工基本医疗保险市级统筹规定的比例，支付参保人员住院以及以下特殊病种门诊治疗符合规定的医疗费用：1．恶性肿瘤放疗、化疗、镇痛治疗；2．肾功能衰竭病人的透析治疗；3．肾移植后抗排异治疗；4．血友病。二档要建立个人帐户，统筹基金按城镇职工医疗保险市级统筹规定的比例和范围，支付参保人员住院和特殊病种门诊治疗符合规定的医疗费用。二、两者的交费年限不同，在每年缴纳医疗保险费的时候，参保人员都可以自由选择按一档参保还是按二档参保。参保人员缴满本人缴费年限并达到法定退休年龄，要享受二档医疗保险待遇的，二档实际缴费年限应达10年,二档实际缴费年限不足10年的，须补齐不足年限的缴费，才能享受二档待遇，补缴标准按补缴之月一档和二档的差额计算。三、两者的交费不同，以重庆为例，一档全年缴费1912.8元，二档全年缴费4208.4元。
【法律依据】：
《社会保险法》
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第三十一条 社会保险经办机构根据管理服务的需要，可以与医疗机构、药品经营单位签订服务协议，规范医疗服务行为。医疗机构应当为参保人员提供合理、必要的医疗服务。
