13薪会扣五险一金。但是十三薪就是发13个月的工资，一般第十三个月的工资是算年终奖，与十二月的工资是一起发放的，一般只扣其中一个月的五险一金即可。
十三薪的放发方式
1、按比例拿双薪
有的企业在《员工手册》中规定：农历年底，公司将发给员工一个月的工资额作为奖金，奖金按比例计算，发给当年加入公司并于12月31日前通过试用期的员工。出勤率不良、表现不好或者有违纪行为的员工不能获得此奖金。
2、发双薪前离职不享受双薪
有的企业规定，员工要拿到年底双薪，必须符合几个条件：员工当年度必须在公司服务期满三个月；发放双薪当日必须仍在公司工作；最主要的一条，员工在发双薪日前提出辞职或者过失、非过失解除劳动合同的，将不得享受年度双薪。
3、发不发双薪，企业规章说了算
用人单位自主决定年底双薪的发放方式和数额，“发不发”、“怎么发”的自主权都在企业。法律没有明确规定用人单位必须发放年底双薪，这不是一项法定义务。企业如果没有明文规定，此前也没有惯例，劳动者就不能强求单位必须发年底双薪。而第十三个月工资的标准是基本工资还是全额工资或者还是奖金，完全要根据企业与员工的约定，或者企业薪酬福利政策的规定来确定。
法律依据：《社会保险法》第五十八条
用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。
自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。
