法律分析：一、试用期内自动离职公司克扣工资怎么办
试用期内主动离职遇到单位扣工资此时可以向法院起诉，对于在试用期的职员，由于并没有与单位建立正式的劳动合同，故此其在使用期内若是发现该职位并不适合自己，此时就是可以提出离职的请求的，并且单位在其离职时不得扣除其薪资。
二、相关法律规定
1、《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任(目前广东省的内部仲裁规定，员工不辞而别造成损失，用人单位必须承担举证责任)。故对不辞而别的员工，用人单位有权追究其法律责任，但前提是要有员工造成损失的证据(个人觉得比较难)。
2、实际操作当中，企业如果没有及时解除劳动合同的，而且员工反悔要求继续履行劳动合同，或者要求缴纳期间的社会保险等，用人单位极有可能面临败诉的风险。单位在员工不辞而别的情况下，应积极履行通知解除劳动关系的程序，以避免可能发生的争议和风险。但现实操作过程中，有很多企业在履行解除劳动关系的时候还是没有及时，建议是在员工不辞而别的第二天马上通过EMS(具有法律效力最大)的形式寄送催告函，然后再按照催告函里面约定的时间寄送解除劳动合同通知书。如果没有及时解除劳动关系，那么在员工不辞而别的期间里，企业要承担非常巨大的风险。
3、根据《劳动法》、《劳动合同法》、《广东省工资暂行支付条例》等规定，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，非法克扣工资或者拖延支付的，应承担相应责任。在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。若用人单位有条件支付剩余工资的，应及时足额支付，如员工的银行卡并未销毁。只有在存在工资支付障碍的前提下(例如无工资卡、无法联系本人)，用人单位可以暂缓工资支付。在广东省如果克扣或者扣发工资需要承担的风险越来越大。
从风险控制角度，用人单位应当及时通知劳动者前来领取工资，若劳动者未按通知前来领取，用人单位不承担工资拖延的责任。
此外，还要加强领导与员工之间的沟通，掌握员工的心理动态，尽量减少员工自动离职的情况出现。
对于试用期内离职的职员，单位一般都是不会扣除其薪资的，故而若是发现了自己并没有获得所有的自己应得的薪资，此时就可以向单位提出异议，单位若不能给出合理的解释，此时该职员就可以向法院起诉，但是不得向劳动仲裁机构提出救济请求。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
第七十八条解决劳动争议，应当根据合法、公正、及时处理的原则，依法维护劳动争议当事人的合法权益。
第七十九条劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
