法律分析：市委秘书长与市政府秘书长在所属部位、归属领导和级别上都有区别。
1、所属部位不同
市委秘书长属于市委秘书处，市委是党的机关，市委秘书长是党委系统的职务；市政府秘书长属于市政府秘书处，市政府是行政机关。
2、归属领导不同
市委秘书长向市委负责，向市委书记汇报工作；市政府秘书长市政府负责，向市长汇报工作。
3、级别上不同
一般来说，市委秘书长(兼任市委常委）为副厅级，相当于副市长，如果某项公务活动领导不能参加，秘书长可以代表领导参加；而市政府秘书长是市政府常务会议的组成人员,除个别人例外明确副厅级,均为正处级。
法律依据：《中华人民共和国监察法》 第十五条 监察机关对下列公职人员和有关人员进行监察：
（一）中国共产党机关、人民代表大会及其常务委员会机关、人民政府、监察委员会、人民法院、人民检察院、中国人民政治协商会议各级委员会机关、民主党派机关和工商业联合会机关的公务员，以及参照《中华人民共和国公务员法》管理的人员；
（二）法律、法规授权或者受国家机关依法委托管理公共事务的组织中从事公务的人员；
（三）国有企业管理人员；
（四）公办的教育、科研、文化、医疗卫生、体育等单位中从事管理的人员；
（五）基层群众性自治组织中从事管理的人员；
（六）其他依法履行公职的人员。
