申请房贷退税通过扣缴义务人申报、综合所得年度自行申报两种方式中任选一种,这两种申报方式主要区别还是在于申报对象不同,具体如下:1、通过扣缴义务人申报:这种指的是向单位申报个人信息,每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位,单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息,并从中计算出员工应预扣预缴的税款,再向税务机关办理全员全额纳税申报。最后从工资中减去应缴的税款,剩下的就是你的到手工资了。2、综合所得年度自行申报:这种指的是直接向税务机关申报,即每个月单位发放工资时正常扣税,然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴,并将有关信息提供给税务机关,让税务部门其办理退税。法律依据:《中华人民共和国税收征收管理法》第一条 为了加强税收征收管理,规范税收征收和缴纳行为,保障国家税收收入,保护纳税人的合法权益,促进经济和社会发展,制定本法。第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理,均适用本法。第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税,依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的,依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定,擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。 第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。