法律分析：
首先，选择鉴定机构的程序没有问题，如果双方当事人对鉴定机构不能达成一致，就由法院指定。鉴定机构会根据鉴定的需要，要求申请人通过法院提交有关材料，包括比对的样本。变更前的公章通常都是去工商局调去存档，工商局存档的公章样本是无法调取原件的，所以必须通过技术手段提取出来，方法有两种，一是直接进行复印，加盖工商局的章，证明来自原件，二是进行拍照，在拍照时旁边放个尺子，这样就算是有大小变化都可以根据比例恢复到原始状态。最好两种方法一起上，如果你自己没有把握，可以申请鉴定机构派专业人员取样，支付相应的劳务费就可以，这样还显得公正。还有一个很重要的建议，除了工商局存档的样本，你们自己还应当寻找变更前的印章样本，通过法院提交给鉴定机构，最好是盖在已经生效或履行过的文件，比如合同、通知、上报税务的材料等，因为样本还要经过对方的认可，这类文件对方就不能轻易否定，这样的鉴定结论说服力就很强。
【法律依据】：
《司法鉴定机构登记管理办法》 第七条 司法鉴定机构开展司法鉴定活动应当遵循合法、中立、规范、及时的原则。
《中华人民共和国民事诉讼法》 第七十六条 当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。
