公司法人变更后原来的债务协议当然是有效的，而且，有可能该笔债务是由变更以后的公司来偿还的。根据我国法律制度上的规定，公司工商登记事项如果发生了变更，原公司的债务应该由变更之后的公司全部承担。无论公司因为什么样的原因变更的，并不影响到债权人的合法权益。
1、有效，根据法律规定，公司工商登记事项发生变更的(包括变更法定代表人)，原公司的债权债务应该由变更后的公司全部承担，不需要另行说明。如果确实需要出具相关情况说明的，也只要说明变更前公司的债权债务由变更后的单位承担其债权债务。
2、若公司名义贷款，更换法人不影响还款，由公司承担还款责任。债务不是法人来承担的，是公司来承担，法人只是处理债务问题。如果法人不是股东，那法人没有直接的利益损失。如果新法人是股东，也就是公司是转让过来的，但股权转让是协议是有规则的，如果原股东债务没有告诉新股东，那按规定是可以追究原股东的责任!在公司法人转让前务必弄清楚债务清偿的事情，并有协议划分原股东的债务清偿问题!
二、一般公司法人变更原因是什么?
1、为了合并
这是指两个以上的法人集合为一个法人的民事法律行为。法人的合并是法人集中资金，扩大实力，增加竞争优势的重要手段。由于合并不需经过法定清算程序，比之解散原法人，成立新法人，手续更为简便，操作成本也更低廉。法人合并，有新设式合并和吸收式合并两种方式。新设式合并也称创设式合并，是两个以上的法人归并为一个新法人，原法人均告消灭的合并方式。吸收式合并也称吞并式合并，是一个法人吸收被合并的其他法人，合并后只有一个法人存续，被吸收法人均告消灭的合并方式。法人合并时，应有法人意思机关韵合并决定和合并各方缔结的合并合同。为保障各合并法人的债权人的利益，法人应在合并前将合并决定通知债权人，债权人如要求清偿债务或提供担保的，作为债务人的法人应照办。否则，法人不得合并。
2、为了分立
法人的分立是指一个法人分为两个以上法人的民事法律行为。法人分立是调整经营规模，分散风险的重要手段。法人分立也不需经过法定清算程序，所以有与法人合并同样的优点。法人分立，有新设式分立和存续式分立两种分立方式。新设式分立也称创设式分立，指解散原法人，分立为两个以上新法人的分立方式。存续式分立也称派生式分立，指原法人存续，分出部分财产设立一个以上新法人的分立方式。法人分立的程序与法人合并程序基本相同，需要有分立的决定、债务分配合同，对债权人发出分立通知并根据债权人请求清偿债务或提供担保。
三、法人变更流程
1、在公司登记所在地的工商局网站进行公司法人变更预约。
2、在公司登记所在地的工商局网站上下载相应的资料，并如实填写。
3、带上材料到工商局取预约号，交材料。
4、若材料有疑问或当地工商局还要求其他证明，则补充材料(一般下次来无需再预约)。
5、若材料无疑问或补充完毕并通过则领取变更通知书。
6、再规定时间去工商局领取新的营业执照。
7、到刻章公司刻制新的法人章。
8、带着新的营业执照和所有印章到开户行更换开户许可证和印鉴。
注:五证分立的“原始企业”的法人变更需要顺便办理五证合一，需要准备的材料更多(比如五个证)，所以会相对麻烦一些。
三证合一与五证合一的企业只需要去工商局进行变更法人即可，工商局会将公司变更信息同步共享给税务、社保等部门。
法人的变更，除了公司的合并和分立之外不会有其他的原因，该笔债务如果当初本身就是以公司的名义做借款的，本身就应该由公司来偿还。而且，在变更公司法人的时候也是有义务通知债权人的，不过债权人没有必要因为法人的变更就重新去另一份债务债权协议。
