法律分析：一、商业秘密由谁认定
依据我国反不正当竞争法的规定，对商业秘密进行认定的部门是监督检察部门，如工商管理部门等。
《中华人民共和国反不正当竞争法》
第十三条监督检查部门调查涉嫌不正当竞争行为，可以采取下列措施：
(一)进入涉嫌不正当竞争行为的经营场所进行检查;
(二)询问被调查的经营者、利害关系人及其他有关单位、个人，要求其说明有关情况或者提供与被调查行为有关的其他资料;
(三)查询、复制与涉嫌不正当竞争行为有关的协议、账簿、单据、文件、记录、业务函电和其他资料;
(四)查封、扣押与涉嫌不正当竞争行为有关的财物;
(五)查询涉嫌不正当竞争行为的经营者的银行账户。
采取前款规定的措施，应当向监督检查部门主要负责人书面报告，并经批准。采取前款第四项、第五项规定的措施，应当向设区的市级以上人民政府监督检查部门主要负责人书面报告，并经批准。
监督检查部门调查涉嫌不正当竞争行为，应当遵守《中华人民共和国行政强制法》和其他有关法律、行政法规的规定，并应当将查处结果及时向社会公开。
二、商业秘密取证方式有几种
商业秘密侵权案件中，有自行取证、委托取证、公证取证、刑事取证、行政取证、法院取证等几种取证方式。
1.自行取证
有关调查发现大部分的当事人会选择自行取证方式来搜集证据。然而，很多当事人不会取证，且取证并非易事，导致自行取证的有效性不高。而且许多人当事人认为法院应当依职权主动依法查清事实、全面调查取证，从而不够重视自行取证的范围和内容导致承担举证不能后果。
2.委托取证
目前委托取证又分为两种，一种是委托律师调查取证，另一种是委托调查公司调查取证。
由于商业秘密案件专业性较强，委托律师能准确把握取证的方向、范围、手段，能凭借丰富的法律知识和办案经验，在不同阶段为当事人制定适当的取证方案。而且法律赋予律师调查取证的权利，相对于当事人自行取证更方便。
调查公司配备的多为有侦查、调查专业技能的人员，并且有专业的调查设备，但鉴于调查公司在中国领域并不合法，调查公司的取证更多地是提供取证线索，为进一步合法取证明确方向。
3.公证取证
公证保全证据指诉讼开始前,公证机关根据当事人的申请,对与申请人的权益有关的、日后可能灭失或难以取得的证据采取一定的措施,先行予以收集、固定并进行保管以保持其真实性和证明力的活动。公证证据具有推定为真的效果，一般能为法院直接采信。相较于申请法院诉前证据保全，能在侵权人不知情的情况先采取证据保全措施，既是保证证据真实性和证明力的措施，也是收集固定证据的措施，以免进入司法程序后侵权人销毁、隐匿相关证据。
4.刑事取证
商业秘密权利人可以向公安机关报案，由公安机关介入调查，经公安机关受理将用专门的侦查手段调查取证。此方式适用于侵权范围广、造成损失较大的案件，因侵犯商业秘密造成损失达到50万元以上或造成其他严重后果的构成犯罪，需追究刑事责任，公安机关应当予以调查。
5.行政取证
向工商行政部门投诉商业秘密侵权行为予以立案处理的，行政机关同样需要通过调查取证阶段对权利人所称事实予以调查确认。行政部门可以查阅、复制与案件有关的文件，询问当事人和证人，采用拍照、摄像等方式进行现场执法检查。
6.法院取证
法院取证分为两种方式，一是证据保全，二是调取证据。证据保全作用与公证证据保全相同，都起到固定证据的作用。调取证据又分为依申请调查取证和依职权调查取证，前者是权利人申请人民法院调查收集因其客观原因不能自行收集的证据，后者是人民法院调查收集其认为审理案件需要的证据。主要涉及保全被控侵权产品，调查被控侵权单位的财务账册确定赔偿额，调取被控侵权人存在侵权的证据这三方面的取证。
法律依据：《中华人民共和国反不正当竞争法》
第十三条监督检查部门调查涉嫌不正当竞争行为，可以采取下列措施：
(一)进入涉嫌不正当竞争行为的经营场所进行检查;
(二)询问被调查的经营者、利害关系人及其他有关单位、个人，要求其说明有关情况或者提供与被调查行为有关的其他资料;
(三)查询、复制与涉嫌不正当竞争行为有关的协议、账簿、单据、文件、记录、业务函电和其他资料;
(四)查封、扣押与涉嫌不正当竞争行为有关的财物;
(五)查询涉嫌不正当竞争行为的经营者的银行账户。
采取前款规定的措施，应当向监督检查部门主要负责人书面报告，并经批准。采取前款第四项、第五项规定的措施，应当向设区的市级以上人民政府监督检查部门主要负责人书面报告，并经批准。
监督检查部门调查涉嫌不正当竞争行为，应当遵守《中华人民共和国行政强制法》和其他有关法律、行政法规的规定，并应当将查处结果及时向社会公开。
