房屋的违章建筑归县级以上人民政府土地行政主管部门管理,一般是由住建部门和市政管理部门负责的。违建的房屋还在建设的,必须立即停止施工,自行拆除,对继续施工的,作出处罚决定的人民政府土地行政主管部门有权制止。
法律依据
《土地管理法》第八十三条
依照本法规定,责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的,建设单位或者个人必须立即停止施工,自行拆除;对继续施工的,作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的,可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内,向人民法院起诉;期满不起诉又不自行拆除的,由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行,费用由违法者承担。