法律分析：一、签合同的公司和付款的公司不一致所签合同是否有效
合同实际履行主体与签约主体不同不影响合同的法律效力。
《中华人民共和国民法典》
第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
二、合同无效的情形有哪些?
《中华人民共和国民法典》
第一百四十四条【无民事行为能力人实施的民事法律行为的效力】无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
第一百四十六条【虚假表示与隐藏行为的效力】行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
第一百五十三条
【违反强制性规定及违背公序良俗的民事法律行为的效力】违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十四条【恶意串通的民事法律行为的效力】行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
三、合同实际履行主体与签约主体不同怎么起诉?
1、准备好民事诉讼状。
2、到具有管辖权的人民法院起诉，并提交相关的证据材料。
3、按照人民法院的通知准时出席参与诉讼活动。
4、若不服一审判决或裁定，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向原审人民法院或上一级人民法院提出上诉，并递交上诉状。
事实上，合同实际履行主体跟签约主体不同的这种状况，并不见得在任何情况下都是不合理的，因为司法实践中合作的事项以及合同的性质非常多，但是签约主体跟实际履行主体不一样的话，一定要提前在合同中约定清楚。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
