非法占用农田应该向管理土地的部门举报，也就是对应的国土局，举报方式可以选择电话举报或者是匿名举报，不过也要提供对应的证明材料，因为土地是不能非法占用的，否则的话就是违法行为，严重的需要承担对应的刑事责任。
一、非法占用农田向哪个部门举报
土地归国土部门管理，发现违法占用农田的，应该及时到当地国土所或者国土局举报，也可以向上级政府部门举报，举报时应提交基本证据，比如照片、证人等。
《基本农田保护条例》法律责任的第三十条规定。根据《基本农田保护条例第五章法律责任第三十条违反本条例规定，有下列行为之一的，依照《土地管理法》和《土地管理法实施条例》的有关规定，从重给予处罚：
(一)未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用基本农田的;
(二)超过批准数量，非法占用基本农田的;
(三)非法批准占用基本农田的;
(四)买卖或者以其他形式非法转让基本农田的。
二、非法占用基本农田的处罚标准是怎样
违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本条的规定处罚。
占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
三、怎样认定非法占用耕地罪
认定非法占用耕地罪，需要从以下四个方面着手进行分析：
(一)客体要件
本罪侵犯的客体，是国家土地管理、城市规划等机关的正常活动以及其他有关国家机关的正常管理活动。徇私舞弊行为使国家土地管理法律、法规的顺利实施受到严重干扰，损害了国家土地管理、损害了国家和人民利益。
(二)客观要件
本罪在客观方面表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权，非法批准征用、占用土地，情节严重的行为。
(三)主体要件
本罪主体是特殊主体，即国家机关工作人员，主要是指在各级政府中的主管人员，土地管理、城市规划等部门的工作人员。
(四)主观要件
本罪在主观方面必须是出于故意，即行为人明知自己的徇私舞弊行为是违反有关法律规定的，明知自己行为可能产生的后果，而对这种后果的发生持希望或者放任的态度。
以上是关于“非法占用农田向哪个部门举报”的问题解答。因此当发现有非法占用农田的情况后，应该采用正确的方式积极的举报，让有关部门及时的知晓并核实，这样的话才能对非法占用者作出对应的处理，根据实际占用农田面积的大小来处理，如果占用的面积比较大，那么还可能会涉及到刑法。
