滞留发票会处罚开具发票的一方。
纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
企业应处理滞留发票方法：
1、企业若取得不能抵扣的专用发票，一个途经是要销货方重新开具普通发票，另一个途经是把发票拿去认证抵扣，但同时做全额进项转出；
2、购货方购进属于免税货物用、非应税项目用，要求销货方开具普通发票；
3、购货方属于小规模纳税人期间，要求销货方开具普通发票；
4、购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，购货方要自我检讨一下管理流程，应在180日内尽快认证。
滞留发票产生的原因主要有以下几个方面：
1、属于购进免税货物用，专用发票不得认证；
2、属于购进非应税项目用，专用发票不得认证；
3、销货方未将专用发票交给购货方，造成存根联滞留；
4、购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留；
5、购货方在小规模纳税人期间取得对方开具的专用发票不能抵扣；
6、购货方发生走逃或注销。
综上所述，滞留发票一般是销货方对购货方开具增值税专用发票，而购货方由于种种原因在180日内未将专用发票认证及抵扣的增值税专用发票。目前，由于金税工程全国联网，所以，增值税发票只要一经防伪税控系统开出，而购货方未去认证则该发票就没有对应的抵扣信息，就会造成滞留。
为什么滞留发票会有后果？如何处理？
律师回答
摘要：滞留发票是指销货方开具的增值税专用发票未在规定期限内被购货方认证抵扣的情况。滞留发票会导致滞纳税款的产生，并可能受到处罚。购货方应及时处理滞留发票，可以通过重新开具普通发票或认证抵扣等方式解决。滞留发票的原因包括免税货物、非应税项目购进、存根联滞留等。由于金税工程全国联网，未认证的发票将失去抵扣信息，造成滞留问题。
延伸阅读
结语：滞留发票严重影响税务合规，应及时处理。未按规定期限缴纳税款或解缴税款的一方将受到罚款，税务机关还会加收滞纳金。企业可通过重新开具普通发票、认证抵扣并做全额进项转出等方法处理滞留发票。滞留发票产生的原因包括购进免税货物或非应税项目、存根联滞留等。综上所述，滞留发票应及时认证抵扣，以确保税务合规。
法律依据
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条
国家有计划地用现代信息技术装备各级税务机关，加强税收征收管理信息系统的现代化建设，建立、健全税务机关与政府其他管理机关的信息共享制度。
纳税人、扣缴义务人和其他有关单位应当按照国家有关规定如实向税务机关提供与纳税和代扣代缴、代收代缴税款有关的信息。
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纳税人、扣缴义务人和其他有关单位应当按照国家有关规定如实向税务机关提供与纳税和代扣代缴、代收代缴税款有关的信息。
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1.属于购进免税货物用，专用发票不得认证; 2.属于购进非应税项目用，专用发票不得认证; 3.销货方未将专用发票交给购货方，造成存根联滞留; 4.购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留; 5...查看全文
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