1.属于购进免税货物用，专用发票不得认证;
2.属于购进非应税项目用，专用发票不得认证;
3.销货方未将专用发票交给购货方，造成存根联滞留;
4.购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留;
5.购货方在小规模纳税人期间取得对方开具的专用发票不能抵扣;
6.购货方发生走逃或注销。
一般情况下，增值税专用票的税务管理很严格，税局一旦发现问题会予以追究。实际中，各地税局会要求存在滞留发票的公司必须对滞留的原因加以说明，同时也会对存在疑点的公司进行现场检查。有些公司存在滞留发票，目的是想偷漏税，隐瞒销售收入同时隐瞒抵扣发票，使税负从表面上看与正常公司相符，这就造成很多该抵扣的发票不去税局抵扣，造成发票滞留。
滞留发票的处理
1、企业若取得不能抵扣的专用发票，一个途经是要销货方重新开具普通发票，另一个途经是把发票拿去认证抵扣，但同时做全额进项转出。
2、购货方购进属于免税货物用、非应税项目用，要求销货方开具普通发票。
3、购货方属于小规模纳税人期间，要求销货方开具普通发票。
4、购货方接到专用发票超过180日认证期而无法认证抵扣，购货方要自我检讨一下管理流程，应在180日内尽快认证。
