法律解析：
第一，社保种类不一样。
按照社会保险法的规定，企业职工是应当参加基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、生育保险、失业保险等五项保险。劳动法也规定了，用人单位和劳动者必须参加社会保险。
对于灵活就业人员来讲，社会保险法中明确表述是他们可以参加基本养老保险和基本医疗保险。
所以，两种参保方式参加社保的种类并不一样。而且企业职工参保应当是强制性的，缴费基数按照本人工资水平来确定；灵活就业人员参保是可选择性的，缴费基数自由选择。
企业缴费是强制性的，如果企业没有给职工缴纳，就属于违反劳动法的规定，实际上劳动者可以维权进行补缴。但是灵活就业人员参保的话，国家规定城镇个体工商户和灵活就业人员不可以通过事后追补缴费方式增加缴费年限，因此错过就不可以不交了，这一点一定要注意。
第二，费用负担不一样。
企业职工参加社会保险，职工本人只承担本人部分，用人单位承担用人单位部分，因此个人负担较轻。如果用人单位将单位承担部分转嫁给个人，这是违法行为，劳动监察部门可以责令用人单位退还。
像生育保险和工伤保险，职工本人完全不需要承担费用。
灵活就业人员参保，是通过自己承担全部社会保险费的方式参保缴费的。
第三，缴费比例不一样。
基本养老保险的缴费比例，企业职工参保是本人承担缴费基数的8%，单位承担缴费基数的16%，合计24%。有些地区单位缴费基数是根据用人单位的工资总额来确定，并不一定跟所有职工的缴费基数之和相关。
灵活就业人员参加基本养老保险，个人承担比例是缴费基数的20%，自由选择缴费基数。
医疗保险企业职工是本人承担2%，用人单位承担6%~10%，具体是由各地的医保部门确定的缴费比例，目前全国多数地区实行的是地级市统筹。一些地区为了减轻灵活就业人员的参保，负担允许他们缴纳不包含个人账户或者职工本人缴纳2%比例的部分，只享受等额的报销待遇。
第四，社保待遇不一样。
没有参保就不能享受相关保险的待遇，比如说生育保险、失业保险和工伤保险，灵活就业人员一般会缺这三种保险。
有人说养老保险待遇是多缴多得、长缴多得。实际上退休待遇的养老金计算公式，是全国统一的计算公式，主要包括基础养老金和个人账户养老金两部分。相关待遇主要跟缴费年限和缴费基数相关。
由于养老保险的缴费比例不同，相同缴费基数下缴费费用不一样，但是产生的养老金待遇是一样的。
第五，退休年龄不一样。
国家规定女性灵活就业人员的退休年龄是55岁，只有个别地区女性退休年龄是50周岁。
企业职工中女性管理和专业技术岗位的工作人员退休年龄是55周岁，其他普通女性职工的退休年龄是50周岁。广东省对于女性高级职称的专业技术人员，还可以延长到60周岁退休，不过也可以根据本人申请55周岁退休。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》 第四条 中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
