一、土地使用权确认纠纷应该怎么处罚?
土地使用权确认纠纷发生之后可以通过协商，当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。政府不能处理的，可以向法院起诉。
相关法律规定：《中华人民共和国土地管理法》
第十四条：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。”
二、处理土地确权纠纷的注意事项
①村委会办公室、医疗教育卫生等公益事业和公共设施用地、乡镇企业用地及其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，应当依法进行确权登记发证，确认集体建设用地使用权。将集体土地使用权依法确认到每个权利主体。凡依法使用集体建设用地的单位或个人应申请确权登记。
②运用土地确权原则和方法，确定实践中具体土地权利的类型、性质、主体、客体，以及权利内容等。
③掌握土地权属争议的类型、现行法律法规和规章中规定的处理方式、处理机关、处理程序;运用有关土地权属争议调处的规定，对具体争议案件提出处理方式和程序。
④运用土地确权和争议调处法律、政策，针对具体争议案例进行分析，提出处理意见。
各地要从机构建设、队伍建设、经费保障、规范程序等各方面，切实采取有力机制，建立健全土地权属争议调处机制，妥善处理农村集体土地权属争议。
土地可能会发生确权纠纷、侵权纠纷，不通过的纠纷类型发生之后，当事人可以根据实际的情况，选择适宜于当前情况的处理机制。对于确权纠纷来说，在发生纠纷之后不能立即向法院起诉，而是需要先请求政府处理纠纷，若是政府受理了纠纷的处理请求，且纠纷当事人对政府处理的结果不服，可以在拿到政府处理通知书的30日内以，向法院起诉。
