1、《劳动合同法》的实施必然要求农民工和用人单位要签订劳动合同，那么，想要市农民工能够运用到《劳动合同法》来保障自己的合法权益，就得实行农民工劳动合同专门化规章。
农民工作为特殊的弱势群体，其劳动合同的内容应有别于城镇劳动者的劳动合同。在期限方面，根据农民工的就业特点，劳动合同的期限可以灵活掌握，但一般情况下不应低于一年。
2、《劳动合同法》的实行不是个人或者个别机关的事，想要利用《劳动合同法》保障农民工权益，当然要加强相关部门的统筹和协调，明确其保护农民工权益的工作职权和责任;加强团体交涉权，充分发挥工会组织的作用。
《劳动合同法》是在国家公权力干预下劳资双方博弈的结果，正是有了国家公权力的干预，它才能成为一部倾向于保护劳动者的法律。在实施过程中，用人单位和农民工强烈的强弱对比，使得农民工根本不具备平等谈判的资格，因而要实现农民工合法权益的保障同样也离不开国家公权力的介入。
3、加强农民工的团体交涉权，即由工会代表劳动者与雇主进行集体谈判签订集体劳动合同的权利。
团体交涉权可以凭借劳动者集体的力量来改善整体劳动境况，实现通过团体一致的行动实现自我救济。团体交涉权是否能有效实现取决于三个方面：一是劳动契约自由的存在;二是国家立法为团体交涉留有必要的空间;三是工会组织在法律地位上的真正独立。
4、利用《劳动合同法》保障农民工权益，不仅其本身法条要具有先进性，也要注重加大宣传、争取政府支持。加大宣传，使《劳动合同法》深入人心。
《劳动合同法》施行以来，大部分农民工对《劳动合同法》还是一知半解，在遇到权益侵害时，由于认识上的偏差，不会用法维权。究其原因，一是相当一部分农民工认为《劳动合同法》是为有正式工作人员立的法，不是农民工的“专利”;二是有些农民工认为虽然国家制定了法律，对该法的执行和效力持怀疑态度;三是作为弱势群体的农民工，因自身法律意识缺失，造成维权工作无法顺利进行，部分农民工已习惯了对侵权的默默忍受，加上就业压力大，即使有运用法律维权的想法也缺少抗争的勇气;四是《劳动合同法》本身也存在个别条款规章不明确，理解不统一的缺陷，加剧了农民工对法律效力的怀疑。扩大地方政府对《劳动合同法》实施的自主权。
