专利许可合同未备案，但合同如果是依法订立的，并且不以备案等手续为生效要件的，是有效的。依法订立的合同自成立时生效，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
专利许可使用合同备案流程
依据专利实施许可合同备案办法的规定，对专利许可合同进行备案的，申请人应该向国家知识产权局提出申请，并且提交相应的材料。
申请专利实施许可合同备案的，应当提交下列文件：
(一)许可人或者其委托的专利代理机构签字或者盖章的专利实施许可合同备案申请表；
(二)专利实施许可合同；
(三)双方当事人的身份证明；
(四)委托专利代理机构的，注明委托权限的委托书；
(五)其他需要提供的材料。
专利许可合同签订后如何备案
依据专利实施许可合同备案办法的规定，签订专利许可合同后，要在合同生效三个月内向国家知识产权局申请备案。
申请专利实施许可合同备案的，应当提交下列文件：
(一)许可人或者其委托的专利代理机构签字或者盖章的专利实施许可合同备案申请表；
(二)专利实施许可合同；
(三)双方当事人的身份证明；
(四)委托专利代理机构的，注明委托权限的委托书；
(五)其他需要提供的材料。
专利实施许可合同备案证明中哪些不予备案
根据《专利实施许可合同备案办法》第12条的规定，专利实施许可合同备案申请不予备案的情形有：
(一)专利权已经终止或者被宣告无效的；
(二)许可人不是专利登记簿记载的专利权人或者有权授予许可的其他权利人的；
(三)专利实施许可合同不符合本办法第九条规定的；
(四)实施许可的期限超过专利权有效期的；
(五)共有专利权人违反法律规定或者约定订立专利实施许可合同的；
(六)专利权处于年费缴纳滞纳期的；
(七)因专利权的归属发生纠纷或者人民法院裁定对专利权采取保全措施，专利权的有关程序被中止的；
(八)同一专利实施许可合同重复申请备案的；
(九)专利权被质押的，但经质权人同意的除外；
(十)与已经备案的专利实施许可合同冲突的；
(十一)其他不应当予以备案的情形。
未经备案的商标使用许可合同是否有效
未经备案的商标使用许可合同如果是当事人依法订立的，除当事人另有约定的以外，该合同有效。商标使用许可合同未经备案，一般并不影响该许可合同的效力。
未经备案商标使用许可合同是否有效？
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十九条规定，商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。
由此可见，除当事人另有约定的以外，双方自愿签订商标使用许可合同的，即使没有经过备案，许可合同是依法成立并生效的。但是，如果商标使用许可合同没有到商标局备案，不得对抗善意使用的第三人。
