刑事立案侦查的严重后果是说明行为人达到了刑事犯罪的程度，而且会有案底，那么在侦查的过程当中会限制嫌疑人的人身自由，而被认定为犯罪的那么可以想象后果的严重性。
立案条件是指决定立案所必须具备的基本要件。它是判明立案决定是否正确的依据。根据刑事诉讼法第一百一十二条的规定:人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案。这一规定说明，立案必须具备两个条件:
(1)事实条件，即有犯罪事实或犯罪嫌疑人
有犯罪事实，是指有被客观、真实的证据所证明的危害社会的犯罪行为的存在，包括犯罪的预备、实施、未遂、中止和既遂，但是，这不意味着证实犯罪的证据需要确实充分，但也不应是办案人员凭估计、猜测得出的结论。这里所指“有犯罪事实”，主要是指犯罪事件已经发生，即有犯罪的客体和客观要件;而对犯罪主体和犯罪主观方面的查明则不是立案的必要条件，而是立案后需要进一步查清的问题。因此，此时的证据并不要求达到充分的程度，也不要求一定要查获犯罪人，更不要求查明全部案件的事实和情节。
(2)法律条件，即需要追究刑事责任
立案追究的行为，必须是具有社会危害性和刑罚应罚性的行为，只有当这种犯罪事实确需追究行为人的刑事责任时，才予以立案。
二、侦查过程中可以对行为人采取强制措施
接受案件，进行审查，再由本侦查部门进行初查，如果有犯罪事实，需要制作《立案报告书》。再进行详细侦查，可以采取拘留、监视居住、取保候审、逮捕等强制措施，最后查明犯罪事实的，侦查终结，提出侦查移送移送审查起诉部门或者报检察长、检委会。
在侦查中可以使用五种强制措施，即:拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕。
1、人民检察院在侦查过程中，对于犯罪分子犯罪后企图行凶、自杀、逃跑以及有毁灭、伪造证据或者串供等情况，确实需要先行拘留的，填写《呈请拘留审批表》经检察长决定后，填写《拘留人犯通知书》通知公安机关填发《拘留证》并执行，必要时人民检察院可派员协助。并按照刑事诉讼法的有关规定办理。
2、逮捕人犯，应当严格按照刑事诉讼法第四十条的规定执行。逮捕人犯应填写《逮捕人犯审批表》，经检察长或者检察委员会决定，并签发《决定逮捕通知书》通知公安机关填发《逮捕证》并执行，必要时人民检察院可派员协助。同时报上级人民检察院备案。上级人民检察院发现错捕，应通知下级人民检察院纠正。
应当逮捕的被告人如果在逃，可提请公安机关发布通缉令，采取有效措施追捕归案。
3、对于已拘留、逮捕的被告人，应当在二十四小时内进行讯问。除有碍侦查或者无法通知的情形以外，应当把拘留、逮捕的原因和羁押的处所在二十四小时内通知被拘留、逮捕人家属或者所在单位。
4、对被告人需要采取取保候审或者监视居住时，应经检察长批准。取保候审，应填写《取保候审决定书》，由保证人出具《保证书》。监视居住，应制作《监视居住决定书》，并填写《监视居住委托书》，由当地公安派出所执行，或者交由受委托的当地政府部门、被告人所在单位执行。对被监视居住的，应根据案件和被告人的具体情况，指定不得离开的区域。
5、已逮捕的被告人，在侦查中的羁押期限不得超过两个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，应在羁押期限届满七天前报上一级人民检察院批准延长一个月。重大的犯罪集团案件和流窜作案的、交通十分不便的边远地区的重大复杂案件，在刑事诉讼法第九十二条第一款规定的侦查羁押期限内不能办结的，应在羁押期限届满十五天前提出申请报告，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以延长二个月;在侦查期间，发现被告人另有与原来立案的性质不同的罪行，可以经检察长批准补充侦查，重新计算羁押期限。
综上所述，如果案件被刑事立案侦查的，那么说明该行为已经达到了刑事犯罪的程度，会将行为人的记录在案底，行为人很有可能会面临刑事处罚，而且在侦查过程当中也会被限制人身自由，所以立案侦查的后果是比较严重的。
