法律分析：一、发工资会直接扣税吗?
公司给员工发工资是不需要交税的，但是员工的工资超过个人所得税的起征点员工要缴纳个人所得税。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
二、一次性经济补偿金如何计算个税
根据《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》文件规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性经济补偿收入、退职费、安置费等所得要按照以下方法计算缴纳个人所得税：
1.个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》的有关规定，计算征收个人所得税。即可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均办法：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12年计算;
2.个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本养老保险费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除;
3.企业依照国家有关法律规定宣告破产，企业职工从该破产企业取得的一次性安置费收入，免征个人所得税;
4.个人在解除劳动合同后又再次任职、受雇的，对个人已缴纳个人所得税的一次性经济补偿收入，不再与再次任职、受雇的工资、薪金所得合并计算补缴个人所得税。
劳动者的收入不同，那么就关系到其是否需要缴纳个人所得税的问题。一般工资收入达到了一定标准之后，对于超出的部分，才需要按照规定缴纳个税，否则的话就不需要缴纳，也就是说公司对于员工，也不是全部都需要代扣个税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。
