律师解答：
1、参保对象不同。农村合作医疗保险的参保对象主要是我国农民（农业户口）的人群；职工医疗保险的参保对象是用人单位所雇佣的职工为参保对象。2、筹资模式不同。
农村合作医疗保险的筹资模式为个人缴费、集体扶持和政府资助；职工医疗保险的筹资模式是用人单位和个人缴费、政府补贴等组成。3、报销比例不同。农村合作医疗保险自2013年起，政策范围内住院费用报销比例提高到75%左右；职工医疗保险比例不同地区以及不同级别医院比例不尽相同，如北京住院为三级医院，最高报销比例可达90%。
【法律依据】：
《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》
第七条 基本医疗保险费由用人单位和从业人员共同缴纳。其中用人单位按本单位从业人员月工资总额的５％—７％缴纳，从业人员缴纳基本医疗保险费费率不低于本人月工资总额的２％。
第八条 从业人员的月缴费工资额按本人实际工资总额确定，但不得低于所在市、县、自治县上年度从业人员月平均工资的６０％，低于部分应当由本人缴纳的医疗保险费改由用人单位缴纳。
第九条 从业人员本人月工资总额超过所在市、县、自治县从业人员上年度社会月平均工资３００％以上的部分，不缴纳基本医疗保险费，也不作为核定个人帐户定额的基数。
