1、与总公司签合同在分公司上班合法
分公司属于总公司的分支机构,一般情况下没有独.立的法人资格,作出的法律行为必须以总公司的名义,但是依照有关法律规定,依法领取营业执照的分支机构具有独.立的法律地位,可以以自己的名义对外从事民事法律行为(如中国国有四大银行各地的分行等等)。根据你说的情况,你所在的公司应该属于一般情况,因此,针对在分公司工作的员工,应该以总公司的名义与之签署劳动合同。
2、如果以分公司的名义签署劳动合同,由于合同主体不适格,合同归于无效,合同无效即自始无效,相当于没有签署劳动合同,后果是可能面临支付员工双倍工资。