公司扣税了但是没有申报纳税可向税务机关举报。扣缴义务人未按照规定设置、保管代扣代缴、代收代缴税款账簿或者保管代扣代缴、代收代缴税款记账凭证及有关资料的,由税务机关责令限期改正,可以处二千元以下的罚款;情节严重的,处二千元以上五千元以下的罚款。查询公司是否有给自己缴纳个人所得税,可以利用下列方式:1、到单位财务查看由税务局专管员签字纳税申报表,看明细即可;2、带上身份证到地税务局调阅资料,查看扣减的数额对否;有的经济发达的地区,税务局每年都会将本年度纳税人每个月所缴的个人所得税汇总清单寄给纳税本人的;在发现不对后,可以先找公司的财务人员了解情况,如果属实,可以到税务机关举报。只要薪资单能证明自己确已被企业扣了所得税,税务局不会为难纳税人的,但企业必须要将扣除的员工个人所得税补交,同时还会被处罚。法律依据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十八条 纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款,经税务机关责令限期缴纳,逾期仍未缴纳的,税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外,可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。