一般来说员工健康证费用由员工自己承担。如果企业要求员工提交健康证的话,那这个就属于入职材料,应该在入职前就办理的。至于费用这一块一般是员工自费,企业可以设置一项福利,员工入职满一年企业报销这笔费用,如果是入职体检,要求项目比较复杂的,或者员工自己去做身体检查项目较多的,企业可以设置一个报销额度,双方各自承担一部分。
法律依据:《中华人民共和国食品安全法》 第四十五条 食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度。患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员,不得从事接触直接入口食品的工作。从事接触直接入口食品工作的食品生产经营人员应当每年进行健康检查,取得健康证明后方可上岗工作。