发回重审的案件是不受诉讼时效的影响的。诉讼时效的抗辩，应该在一审的时候就提出，如果一审没有提出诉讼时效，那么在重审的时候就失去了诉讼时效的利益了。如果在发回重审的时候提出时效的抗辩，人民法院是不予支持的。
一、发回重审案件能否适用诉讼时效当事人应当在一审期间提出诉讼时效抗辩，如果原一审起诉没有超过诉讼时效，重审则不受影响。如果原一审时诉讼时效过时，但当事人在原一审时没有提出诉讼时效抗辩，视为放弃诉讼时效利益，在重审时不能提出诉讼时效抗辩。理由如下:
(一)我国法律对于当事人在审理阶段的举证期限、答辩期限、提出诉讼时效抗辩等期限都作出了很明确的规定，如果未在法定期限内行使权利，视为对自己诉讼权利的放弃。这种立法规定不仅符合法律公平公正的立法精神，而且也方便当事人行使自己的诉讼权利，试想如果在案件审理阶段当事人可以“随时提出”答辩、抗辩意见等等，那么整个案件审理将会陷入不稳定状态，也容易造成司法资源的极大浪费。所以，在时效抗辩权行使阶段的问题上，就是以法定的失权期间为界限，合理限制当事人的诉讼权利，并贯穿于案件完整的诉讼程序中，保障实体和程序的公正和效益。
(二)发回重审是完整诉讼程序的组成部分。目前，我国民事诉讼中的审级制度采取续审模式，一、二审程序可以按照已经进行的审理阶段所出现的证据材料进行事实判令和适用法律，不可否认发回重审程序突破了民事诉讼的常态规则和及其运作，但二审法院将案件审理恢复至一审状态，目的是为原审程序中诉讼利益受损的当事人，提供上诉程序不能提供或不宜提供的权利救济。发回重审并非完全独立的审判程序，它依赖于原审诉讼程序，是原审诉讼过程的延续，它与一、二审的诉讼过程共同构成了完整的诉讼程序。我国《时效解释》第四条规定“当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外”。有学者认为，对于“一审期间”应当适用限缩解释，发回重审虽然适用第一审程序重新组成合议庭审理，重新编排案号，但是它不是全新独立的审判程序，而是原一、二审诉讼程序的延续，并共同构成案件完整的审理过程。所以，当事人在一审期间怠于行使诉讼时效抗辩权，将会在整个诉讼程序中产生失权的法律效果。
三、发回重审可以提管辖权异议吗发回重审案件原则上是不可以提出管辖权异议的，但在下列条件都满足的情况下应允许被告提出管辖权异议:原审程序有误或者原审程序及事实都有错误;发回重审是由原审法院程序有误引起的;程序错误与管辖权异议有必然的因果关系。
根据我国《民事诉讼法》第一百二十七条规定，人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院;异议不成立的，裁定驳回。
当事人未提出管辖异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。
《关于适用审判监督程序若干问题的解释》第29条第一款规定，原审法院对该案没有管辖权的，不得指令原审法院再审。
《民事诉讼法》第207条的规定，再审程序一旦发动，即恢复到之前一审的程序中，应当按照一审的要求重新给被告送达应诉材料，允许被告提出管辖权异议。
