法律分析：一、公司与其员工签订的工资保密协议是否违法
不违法。用人单位与员工既可在劳动合同中约定保密条款，也可以订立专门的保密协议。但无论选择何种方式，都应当采取法定的书面形式，并做到条款清晰、明确。
二、公司为何规定薪酬保密
1、公司在规定薪酬保密的时候主要考虑到人才的流失。很多人在工作能力、工作效率、对公司的贡献方面都会有所差异，公司对于差异的人可能会发以不同的工资，但对于他人来说是不公平的，因此很多人为在得知工资不一样的时候产生离开公司的想法，因此公司就会规定薪酬保密，不知道别人的工资，员工就不会流失。但薪酬保密制度都被公司滥用了，其目的在于压低员工的工资，属于同工不同酬，违背了法律规定。
2、用人单位施行薪酬保密制度，主要是从维护职工隐私、避免互相攀比、削减职工流失等方面考虑，一定程度上有利于企业管理、保持职工间的和谐气氛等。目前我国法令中并无明文规矩薪酬有必要保密，也没有限制用人单位施行薪酬保密制度。
在法令没有明文规矩的状况下，薪酬保密条款在拟定过程中只需两边协商一致、拟定程序合法有效，就应受到法令的尊重与维护。
法律依据：《劳动合同法》
第二十三条【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
