法律分析：迟到扣工资是否合法。是没有法律明确规定。主要依据如下：
1、迟到，属于缺勤，只是缺勤的时间较短，迟到的时间没有劳动，不发给报酬符合法律规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。
2、对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。所谓用人单位依法制定的规章制度，是指制度经过全体职工讨论、制定过程中有工会和职工代表参与，且经过公示，内容合法。
3、1982年国务院颁布施行的《企业职工奖惩条例》第十一条、第十二条规定了企业的罚款权，这是我国劳动法律关系中对企业职工罚款的直接法律渊源。然而，《企业职工奖惩条例》已经在2008年1月15日废止。就是说，2008年1月15日以后，用人单位已经不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款了。
4、可现实中很多用人单位仍然在规章制度中赋予自己对员工罚款的权利，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。理由有二：
(1)、首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾;
(2)、其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
迟到扣除工资的行为在企业的管理中是一种行之有效的方式，但是问题的核心不是自己是否要被处罚，而是自己的处罚是否过重的问题，因为涉及的人员不同，因此企业的规章制度的也存在不同，不能一概而论，这样会导致自己的问题出现一刀切的偏差。
