一、Ⅰ类医疗机构住院起付线计算公式为：
起付线=该医疗机构次均住院医药费用×X%×(1+1-该医院可报费用占总费用的比例)。
二、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类医疗机构住院起付线计算公式为：
起付线=该医疗机构次均住院医药费用×X%×(1+0.9-该医院可报费用占总费用的比例)。
其中：“次均住院医药费用”、“可报费用占总费用的比例”取各定点医疗机构本年度的前9个月和上一年度的后3个月(连续12个月)的平均数。Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类医疗机构的X%统一为15%，Ⅴ类医疗机构的X%为25%。如按公式计算的某些Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类、Ⅳ类的起付线分别低于150元、400元、500元、700元，则分别按上述标准设置其起付线。Ⅴ类医疗机构的起付线不得低于800元。
需要提醒的是，Ⅰ类医疗机构起付线由各新农合统筹地区自行测算。Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类医疗机构起付线由省农合办统一按公式计算，并由省卫生厅、财政厅另文下达各医疗机构执行，各地不得擅自下调。
度参合农民住院率超过8%的县，应适度提高Ⅰ类、Ⅱ类医疗机构起付线。城市周边地区可根据当地病人流向情况在上述基础上再进一步提高Ⅳ类医疗机构的起付线。
多次住院，分次计算起付线，起付线以下费用个人自付。对重点优抚对象、五保户、低保对象不设起付线。恶性肿瘤放化疗等需要分疗程间段多次住院的特殊慢性病患者，在同一医院治疗的，只设一次起付线。
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