海关总署是国务院下属的正部级直属机构,统一管理全国海关。海关总署现有18个内设部门、8个在京直属企事业单位,管理4个社会团体(海关学会、报关协会、口岸协会、保税区出口加工区协会),并在欧盟、俄罗斯、美国、香港等派驻海关机构。中央纪委在海关总署派驻纪检组。18个内设部门:办公厅、国家口岸管理办公室、改革办、政策法规司、研究室、关税征管司、监管司、加工贸易及保税监管司、综合统计司、稽查司、缉私局、科技发展司、国际合作司、财务司、关务保障司、人事教育司、督察内审司、驻署纪检组。8个在京直属企事业单位:海关总署机关服务中心、全国海关教育培训中心、全国海关信息中心(全国海关电子通关中心)、中国海关出版社、中国电子口岸数据中心、海关总署研究中心、中国海关博物馆。