首先是技术含量的参差不齐：存在着不少低技术含量的跑腿公司，有很多的代理公司挂靠现象严重，人员素质和业务水平相对较差。这些招标代理机构在执业代理业务时缺乏一定的诚实信用。招标代理机构与委托方的招标人之间的配合应该是建立在充分信任的基础上的：招标人将业务委托给招标代理机构时应给予其充分的信任;同时招标代理机构应遵循法律、法规，严格依法在代理范围内办事，为招投标人提供廉洁、优质、高效的服务。但是这些招标代理机构只要承接到业务就万事大吉了，根本不注重服务质量的提高，抱着只要中标通知书出来就可以了的心态敷衍了事，招标文件、评标办法、回标分析、评标报告等重要资料从其他项目中拷贝过来，没有针对代理项目的特点，体现不出代理公司的技术含量和责任心;现场踏勘、答疑等必备的招标程序随意省略;招标归档资料残缺不全等等。这也导致行业内对招标代理的认可程度不高，“快递员”、“资料员”的称呼时有耳闻。
其次是代理费报价混乱。有相当一部分招标代理机构不是靠自身人才优势和严谨的工作作风来树立品牌，而是靠恶意竞争来拉取客户。按照管理部门规定打六折、七折已算好的，对折甚至更低的报价也不鲜见。过低的报价一方面严重地扰乱了招投标代理市场的秩序，另一方面给市场上招标代理只要很低的费用带带而过就可以了的印象，降低了市场对招标代理机构工作重要性的认可度，长期而往对招标代理机构的生存本身会构成严重影响，应当引起各方的重视。在低报价现象严重的同时，也存在着另一极端的高收费问题，在一些政府投资或国有投资的项目中，个别招标代理机构利用招标人管理不严甚至与招标人经办人串通，私自变换或提高收费标准，以达到高收费目的，对于这种现象，需要审计等有关管理部门的严格把关来予以杜绝。
再次是代理费收取方式的混乱。在建设工程招标代理收费问题上，目前有些招标代理机构的报酬不是向招标人收取，而是转嫁到中标单位身上，向中标单位直接收取或由其变相代付。更有甚者的是，有的招标代理机构要求特定的(招标人意向的)投标人先支付代理费，否则对其中标不利，而一旦该投标人先行支付了代理费，他们就在招标文件的条款上编入对该投标人有利的条款。还有个别招投标代理为了增加其利润率，在招标文件工本费、资料费上做文章，一份招标文件要收一二千元甚至更高，严重增加了投标人的负担。
最后也是最严重的问题，在一些不正规的招标代理机构中存在着比较严重的腐败现象。这些招标代理机构面对激烈的市场竞争，在承揽业务时不是靠提高自身的综合素质努力为招标人提供优质、高效的服务，而是靠一些有“影响力”的人物帮帮忙拉关系，靠与招标人经办人的私下协议，靠业务费用“回扣”等不正当手段“开拓”市场。有的招标代理机构为了能承接项目，在利益驱动下，对个别招投标人的不正当要求，不但不自觉抵制，甚至还为他们的违规操作提供种种便利，出谋献策，按照他们的意愿对招标文件、回标分析进行“量体裁衣”。
出现上述问题的主要原因是在一定程度上出现的市场竞争的无序化。招标代理机构为招标人提供的服务根据工作的性质大致可以分为程序性工作和技术性工作。程序性工作主要包括协助招标人报建、协助招标人审查投标人资格、组织投标人踏勘现场和答疑、组织开评标、协助招标人确定中标单位等内容;技术性工作主要包括拟订招标方案，编制资格预审文件和招标文件，编制工程量清单和标底，编制标书回标分析，草拟工程合同等内容。不同的项目程序性工作是基本相同的，只要掌握了程序，基本上招投标过程就可以走下来。有些实力不强的甚至是挂靠的招标代理公司正是看到了这一点，几乎放弃了技术含量，纯做“快递”，同时也大幅度压低了相关收费。面对这种情况，正规的招标代理机构还是从技术含量上下手，牢牢把好各环节的质量关，提供高质量的差别化服务。来自两个不同方向的两股力量的合力造成了目前招投标代理市场一定的混乱，面对质量与价格这一对矛盾体，相关管理部门要加大引导力度，大力消减跑腿公司的生存空间。在上述主要原因的同时，做为招标代理活动中有关各方利益和矛盾汇聚的焦点之一，招标代理机构受到腐败因素的影响也是不可避免的，这就要求在强化管理部门的监管的同时，招标代理机构加强自身管理也是必不可少的。
