法律解析：
无害通过权，是指所有国家，不论为沿海国或内陆国，其船舶在不损害沿海国和平、良好秩序或安全的前提下，不需要经过许可，均享有自由通过它国领海的权利。
过境通行权，是指在公海或专属经济区的一部分或公海或专属经济区的另一部分之间用于国际航行的海峡中使用过境通行制，所有船舶和飞机均享有过境通行权，即为继续不停和迅速过境的目的而行使航行和飞越自由的权利。
1、适用范围不同。无害通过制度是适用于领海、部分用于国际航行的海峡和群岛水域；过境通行制度仅适用于在公海或专属经济区的一个部分和公海或专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡。
2、适用主体不同。无害通过制度只适用于船舶；过境通行制度是用于船舶和飞机。
3、通过的手段不同。行使无害通过权的潜水艇要浮出水面并悬挂国旗；行使过境通行权的船舶可以潜入水下航行。
4、通过的区域不同。无害通过制只涉及水域部分，不涉及领海的上空；过境通行制不仅涉及水域部分，也涉及专属经济区的上空。
5、对海峡的适用不同。过境通行制度和无害通过制度适用的海峡所处的地理位置不同。过境通行制度指所有外国船舶或飞机在公海或专属经济区之间的用于国际航行的海峡以继续不停和迅速过境为目的而行使的航行和飞越自由。无害通过制度应适用于下列国际航行的海峡：（1）海峡内有一条在航行和水文特征方面同样方便的穿过公海或穿过专属经济区的航道。（2）海峡是在公海或专属经济区的一部分和外国领海之间。（3）海峡由海峡沿岸国的一个岛屿和该国大陆形成而该岛向海一面有一条在航行和水文特征方面同样方便的航道。
6、对研究和测量活动的要求不同：在无害通过时，绝对不允许进行研究和测量活动；在过境通行时,非经海峡沿岸国事前准许，不得进行任何研究或测量活动。
7、船舶和飞机在通行时的要求或义务不同：在无害通过制度中，海洋法公约对于在领海中通过的船舶有“无害”的要求，这些要求同时也是这些船舶的义务。在过境通行制度中，海洋法公约对于船舶和飞机的要求没有这么严格。
【法律依据】：
《联合国海洋法公约》
第十七条 在本公约的限制下，所有国家，不论为沿海国或内陆国，其船舶均享有无害通过领海的权利。
第三十七条 过境通行制度适用于在公海或专属经济区的一个部分和公害或专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡。
