律师分析：
两者主要区别在于主管单位和作用这两方面，前者是由本市的规划行政部门进行核发，是用来证明正在建设的工程符合规划要求的有力凭证；后者是所在地区政府建设行政部分办理的，要是没有这个证件就施工，那就属于违章建筑的。
【法律依据】：
《中华人民共和国建筑法》
第七条 建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证；但是，国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。
按照国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。
第八条 申请领取施工许可证，应当具备下列条件：
（一）已经办理该建筑工程用地批准手续；
（二）依法应当办理建设工程规划许可证的，已经取得建设工程规划许可证；
（三）需要拆迁的，其拆迁进度符合施工要求；
（四）已经确定建筑施工企业；
（五）有满足施工需要的资金安排、施工图纸及技术资料；
（六）有保证工程质量和安全的具体措施。
建设行政主管部门应当自收到申请之日起七日内，对符合条件的申请颁发施工许可证。
第九条 建设单位应当自领取施工许可证之日起三个月内开工。因故不能按期开工的，应当向发证机关申请延期；延期以两次为限，每次不超过三个月。既不开工又不申请延期或者超过延期时限的，施工许可证自行废止。
