律师解答：
1.定义不同
内设机构是指独立机构的内部组织，又称内部机构。政府下辖的各办(办公室、厅)等是内设机构。
直属机构是指政府直接领导下主办各项专门业务的机构，地位低于政府内的各局、委。政府下辖的各科（部、局）等是直属机构。
2.行使职权不同
内设机构没有直接的行政权利，一般不能单独用本机构的名义对外行使职权，通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。比如交通局的人事处，国务院总值班室。
直属机构有直接的行政权利，具有独立职权和专门职责，可以在主管事项的范围内，对外发布命令和指示。
【法律依据】：
《中华人民共和国立法法》
第七条 全国人民代表大会和全国人民代表大会常务委员会行使国家立法权；全国人民代表大会制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律。
第二十五条 全国人民代表大会通过的法律由国家主席签署主席令予以公布。
《国务院法制办主要职责内设机构和人员编制规定》
三、内设机构
根据上述职责，国务院法制办公室设10个内设机构（正司局级）：
（一）秘书行政司（研究司、人事司）。负责机关文电、会务、机要、档案、信访、保密、保卫等工作；拟定国务院年度立法工作安排，研究国务院法制工作和国家法制建设中的重要问题，研究世界贸易组织规则涉及的法律问题；承办机关人事、离退休干部等工作。
（二）政法人力资源社会保障法制司。承办政法、人力资源社会保障、外交、军事、民族、宗教等方面的法制工作。
（三）教育科技文化卫生法制司。承办教育、科技、文化、卫生、体育和知识产权等方面的法制工作。
（四）财政金融法制司。承办发展改革、财政、金融、税收、证券、保险、海关等方面的法制工作。
（五）工交商事法制司。承办工业和信息化、交通运输、商务、工商、质量监督、安全生产、国有资产管理等方面的法制工作。
（六）农林城建资源环保法制司。承办农林、住房城乡建设、资源、环保等方面的法制工作
