根据《关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》规定： “自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。”
根据《财政部劳动保障部关于企业补充医疗保险有关问题的通知》规定：“一、按规定参加各项社会保险并按时足额缴纳社会保险费的企业，可自主决定是否建立补充医疗保险。企业可在按规定参加当地基本医疗保险基础上，建立补充医疗保险，用于对城镇职工基本医疗保险制度支付以外由职工个人负担的医药费用进行的适当补助，减轻参保职工的医药费负担。三、企业补充医疗保险办法应与当地基本医疗保险制度相衔接。企业补充医疗保险资金由企业或行业集中使用和管理，单独建账，单独管理，用于本企业个人负担较重职工和退休人员的医药费补助，不得划入基本医疗保险个人账户，也不得另行建立个人账户或变相用于职工其他方面的开支。”
因此，对符合补充医疗保险规定的，企业为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。计提而未实际支付的也不得税前扣除。如果不符合补充医疗保险规定，按照《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十六条规定，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。
