1、二者最大的不同就是事业编有编制，工作更稳定。即使大部分用工单位都说人事代理和事业编同工同酬，但其实人事代理可以说随时有被解雇的风险。
2、从形式上看，事业编人员的档案都在单位的人事组织部门管理，而人事代理人员的档案等都在第三方人才服务中心。虽然二者都是和用工单位签订合同，但事业编的合同属于象征性的签署，其实是终身合同。人事代理的合同到期之后会不会续签则会画上一个问号。
3、事业编的编制是由机构编制委员会确定的，数量长期保持稳定，也就是所谓的定编定岗，大部分时候只有遇到退休或者辞职等空出编制的情况才能招录新的人员。人事代理就是为了解决编制有限劳动力不足而出现的一种模式。
4、这里稳定性的不同源于事业编人员的人事权在组织部门，如果单位想要辞退的话需要层层报备申请，但对于人事代理单位却有自由裁量的权力，只要合同到期，那是否续约完全看用人单位的态度了。
5、事业编单位分为全额拨款事业编、差额拨款事业编、自收自支事业编这几种形式。可以说事业编人员的薪资都是和财政拨款有很大关系，但人事代理的薪资只和签订合同的单位有关，和财政是没有任何关系的。
6、事业编人员的档案由所在单位人事部门管理，而人事代理人员的档案由人才服务中心管理。事业编人员的人事权在上级组织部门，人事代理人员续约与否可以由用人单位决定。事业编人员的薪资大部分是和财政挂钩的，而人事代理的薪资只和用人单位有关。
