子女抚养纠纷的管辖法院应该选择被告人所在地的法院，根据《中华人民共和国民事诉讼》法的规定，一般的民事纠纷，被告人所在地的法院都有管辖权，不过，子女抚养问题最好在解除婚姻关系的同时就处理好，离婚后有特殊情况的，也能申请变更抚养权。
子女抚养纠纷管辖法院是被告人所在地的法院。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二十一条 一般地域管辖
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
二、子女抚养权纠纷怎么确定?
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活:
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。
2、父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
3、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑:
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的;
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的;
(4)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
4、父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。
5、父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。
6、在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可予准许。
关于子女的抚养纠纷，有可能是抚养权纠纷，也有可能是抚养费纠纷，但基本上都是被告人所在地的，法院管辖的。关于子女的抚养权抚养费问题，原则上是父母协商处理最好，协商不成的，法院判决时考虑的因素是很多的。
