补充合同金额超过主合同的,首先应当根据合同当事人的真实意思确认合同金额。一般来说补充协议是对主合同的补充或者变更,如果原合同没有明确约定不得变更,当事人在补充协议中约定了与主合同相冲突的条款,应当以补充条款为准,所以补充合同金额超过主合同的,一般以补充合同为准。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第五百一十条
合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第五百四十三条
当事人协商一致,可以变更合同。