在完成专项扣除信息的填写后，您可以选择通过扣缴义务人申报或综合所得年度自行申报的方式，这两种申报方式的差异主要体现在申报对象上。具体来说，这两种申报方式的主要区别在于：
1. 扣缴义务人申报：这种方式是由扣缴义务人（如雇主、房东等）在代扣代缴个人所得税时，根据个人所得税法规定，代为扣缴个人所得税并填报相关专项扣除信息。
2. 综合所得年度自行申报：这种方式是纳税人自行在纳税申报期限内，通过个人所得税APP或手动填写个人所得税申报表，申报并填报专项扣除信息。
需要注意的是，这两种申报方式在填写过程中可能存在相同的申报对象，但申报方式不同。在选择申报方式时，请根据个人实际情况进行选择。
1、通过扣缴义务人申报：
这种指的是向单位申报个人信息，每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息，并从中计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。
最后从工资中减去应缴的税款，剩下的就是你的到手工资了。
2、综合所得年度自行申报：
这种指的是直接向税务机关申报，即每个月单位发放工资时正常扣税，然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴，并将有关信息提供给税务机关，让税务部门其办理退税。
总而言之，个人所得税扣除申报方式选哪个主要还是看个人意愿，建议如果是单位职工的话最好选择第一种申报方式，就不用再请假去税务部门办理退税了。而若是自由职业者或者个体户的话，可以选择第二种申报方式。
一、自然人直接提交专项扣除材料给分局吗
纳税人可以采取多种形式向扣缴义务人或者主管税务机关报送个人专项附加扣除信息。纳税人既可以选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除，也可以选择年度终了后向税务机关办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除。直接在税务机关办理专项附加扣除的，税务机关不会再告知扣缴义务人相关个人专项附加扣除信息。
选择哪种方式最方便？
律师回答
摘要：本文讲述了个人所得税专项扣除申报方式的差异以及申报对象。扣缴义务人申报是由扣缴义务人在代扣代缴个人所得税时，根据个人所得税法规定，代为扣缴个人所得税并填报相关专项扣除信息；而综合所得年度自行申报是纳税人自行在纳税申报期限内，通过个人所得税APP或手动填写个人所得税申报表，申报并填报专项扣除信息。在选择申报方式时，请根据个人实际情况进行选择。如果是单位职工，建议选择第一种申报方式。
延伸阅读
结语：个人所得税专项扣除申报方式有两种：扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报。扣缴义务人申报是由扣缴义务人在代扣代缴个人所得税时，根据个人所得税法规定，代为扣缴个人所得税并填报相关专项扣除信息。而综合所得年度自行申报是纳税人自行在纳税申报期限内，通过个人所得税APP或手动填写个人所得税申报表，申报并填报专项扣除信息。选择申报方式时，请根据个人实际情况进行选择。对于单位职工，建议选择第一种申报方式，如果是自由职业者或个体户，可以选择第二种申报方式。
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》第十条
有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
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