法律分析：一、承包工程合同纠纷可以仲裁吗
建设工程施工合同纠纷能不能仲裁主要是看双方双方当事人有没有约定仲裁，如果双方当事人有约定仲裁，而且约定的事项又属于可以申请仲裁的范围，那么就可以仲裁。
《仲裁法》
第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第二十一条当事人申请仲裁应当符合下列条件：
(一)有仲裁协议；
(二)有具体的仲裁请求和事实、理由；
(三)属于仲裁委员会的受理范围。
二、申请仲裁程序是怎样的
(一)、仲裁申请与受理
当事人到仲裁委员会秘书处办理立案手续，并提交下列材料一式五份(被申请人是两个以上的，每增加一个，应增加一份)：
1、仲裁申请书；
2、当事人身份证复印件或其他身份证明材料；申请人、被申请人是法人或其它组织的，应提交营业执照复印件或工商注册登记资料、申请人法定代表人证明书或其它主体资格证明材料。
4、仲裁协议；
5、其他证据材料。
本会经审查认为符合立案条件的，则通知申请人预交仲裁费，如果不符合立案条件，应通知申请人不予立案，并说明不立案的理由。
(二)、选择仲裁员
仲裁庭由三名仲裁员或者一名仲裁员组成，仲裁庭的组成人员由当事人双方在仲裁机构聘任的仲裁员名册中选定或者委托仲裁委员会主任指定。选择仲裁员应把握三条原则：
1、选择熟悉相关专业知识的仲裁员；
2、避免选择符合法定回避条件的仲裁员；
3、必须在规定的时间内选出仲裁员。当事人未在仲裁规则规定的有效期内选定仲裁员，仲裁机构将视为当事人自动放弃该项权利，由仲裁委员会主任指定仲裁员组成仲裁庭。
(三)、仲裁开庭前的准备
(一)研究把握仲裁规则和相应通知书。
(二)提出异议。依据仲裁法和仲裁规则的规定，当事人在进入仲裁程序后，对仲裁协议效力或者对仲裁委员会受理案件有异议的，应当在首次开庭前提出。仲裁案件书面审理的，应当在规定的答辩期间提出。
(三)提交证据。当事人对自己提出的仲裁请求所依据的事实或者反驳对方仲裁讲求所依据的事实有责任提供证据加以证明。
(四)提出答辩或反请求。
(四)、开庭和裁决
仲裁不公开进行。当事人协议不开庭的，仲裁庭可以根据申请书、答辩状以及其他材料作出裁决。
(一)仲裁庭进行事实调查；
(二)双方辩论。当事人在仲裁过程中有权进行辩论，辩论终结时，首席仲裁员或者独任仲裁员应当征询当事人的最后意见。
建设工程合同纠纷在双方协商不好的情况之下是可以利用法律的程序来解决，只要在合同中约定有仲裁的协议，那么就可以申请仲裁，如果对仲裁的结果不服的，那么也是可以直接向法院起诉解决，所以，在处理之前就需要多方面的收集证据，这样自己才会有胜诉的机率。
法律依据：《仲裁法》
第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第二十一条当事人申请仲裁应当符合下列条件：
(一)有仲裁协议；
(二)有具体的仲裁请求和事实、理由；
(三)属于仲裁委员会的受理范围。
