法律分析：一、加班工资扣税怎么计算
征缴个人所得税的计算方法，个人所得税费用扣除标准原来是3500，十三届全国人大常委会第五次会议27日再次审议个人所得税法修正案草案，草案维持一审时“综合所得(包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得)减除费用标准从3500元提高至5000元”的规定，同时个人所得税税率及级数保持不变，扩大3%、10%、20%三档低税率的级距。新增了专项附加扣除项目，包括：子女教育支出、继续教育支出、大病医疗支出、住房贷款利息和住房租金以及赡养老人支出(2019/01/01后扣除)。使用超额累进税率的计算方法如下：
缴税=全月应纳税所得额*税率-速算扣除数
全月应纳税所得额=(应发工资-五险一金)-5000
实发工资=应发工资-五险一金-缴税
二、个人所得税的适用税率
1、综合所得(工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得)，适用7级超额累进税率，按月应纳税所得额计算征税。该税率按个人月工资、薪金应税所得额划分级距，最高一级为45%，最低一级为3%，共7级。
2、经营所得适用5级超额累进税率。适用按年计算、分月预缴税款的个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营的全年应纳税所得额划分级距，最低一级为5%，最高一级为35%，共5级。
3、比例税率。对个人的利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，按次计算征收个人所得税，适用20%的比例税率。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第六条规定，对在中国境内无住所而在中国境内取得工资、薪金所得的纳税义务人和在中国境内有住所而在中国境外取得工资、薪金所得的纳税义务人，可以根据其平均收入水平、生活水平以及汇率变化情况确定附加减除费用，附加减除费用适用的范围和标准由国务院规定。《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十九条规定，《中华人民共和国个人所得税法》第六条中所说附加减除费用，是指每月在减除3500元费用的基础上，再减除1300元的标准。
