法律分析：一、离职期间被扣了两次钱怎么办
劳动者在离职时被老板恶意扣工资，可以与老板协商，要求其给出合理的理由，及时返还给本人；协商不成的，则可以去申请调解、申请劳动仲裁、或者依法提起劳动诉讼。
二、工资莫名被扣怎么维权
1、双方协商解决
首先劳动者应该跟公司协商，在和平友好的条件下达成一致。
2、申请调解
劳动者遭遇克扣工资可以向劳动纠纷调解委员会申请调解。
调解程序也由当事人自愿选择，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样可以向仲裁机构申请仲裁。
3、提请劳动仲裁处理
劳动者可以将劳动纠纷直接提请劳动仲裁处理，劳动仲裁程序是劳动纠纷的前置程序，只有经过劳动仲裁裁决后，才可以进行劳动纠纷诉讼。
4、诉讼解决
通过诉讼方式解决劳动纠纷是由不服劳动争议仲裁委员会裁决的一方当事人向人民法院提起诉讼。也就是说劳动者因为工资等问题，对劳动仲裁的裁决不满意而想法院提起诉讼。
法律依据：《劳动保障监察条例》
第二十六条用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：
(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的；
(2)支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的；
(3)解除劳动合同未依法给予劳动者经济补偿的。
