律师分析：
迟到工资扣除一般没有标准。员工迟到扣工资的标准一般与公司的员工管理章程有关的，不同的公司，处罚力度都是不一样的。因此需要结合劳动者所在的公司员工管理章程确定迟到扣工资的标准。
1、法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾;
2、劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
迟到扣工资合法吗？
员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》
第十七条 订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
第十八条 下列劳动合同无效：
（一）违反法律、行政法规的劳动合同；
（二）采取欺诈、威胁等手段订立的劳动合同。
无效的劳动合同，从订立的时候起，就没有法律约束力。确认劳动合同部分无效的，如果不影响其余部分的效力，其余部分仍然有效。
劳动合同的无效，由劳动争议仲裁委员会或者人民法院确认。
