法律分析：一、非法行医黑诊所查处由哪个单位查处
一般属于治安科管理，较大的局分工则较细。城市有个部门叫：农业畜牧局，归他们管。
在我国，卫生主管部门管理医疗秩序，非法行医由卫生主管部门（卫生局）管，只有当非法行医的情节严重时，才由公安机关进行侦查，而公安机关也只有有权对非法行医进行个案的侦查，没有权利扣押非法行医的物品和进行罚款等，因此，正确是说法是：非法行医由卫生主管部门进行查处、取缔、罚款。非法行医情节严重、涉嫌构成犯罪的，才由公安机关进行侦查、由检察机关进行起诉、由法院进行判决。可以去卫生局进行投诉，做出2次行政处罚之后，则第三次可以去派出所进行报案。这时候非法行医之人构成非法行医罪，涉嫌刑事犯罪。
打击非法行医可以向以下部门举报：当地卫生局、卫生防疫站、工商局，派出所。
《医疗机构管理条例》第四十四条规定：违反本条例第二十四条规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万元以下的罚款。
二、非法行医罪的立案标准
最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定第五十七条规定未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
1、造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；
2、造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；3、使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；
4、非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；
5、其他情节严重的情形。
法律依据：《刑法》第三百三十六条第一款
未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。依据最高人民法院关于审理非法行医刑事案件具体应用法律若干问题的司法解释规定，未经批准擅自开办医疗机构，明知非法行医会危害患者生命安全，经过卫生行政部门二次行政处罚后，仍无证行医，属于情节严重的行为，构成非法行医罪。
