法律分析：1、二手车发票小规模纳税人增值税率是3%，一般纳税人增值税率16%。在计算具体应纳税额时还需要减去应当扣除减免项目的税款。
2、法律依据：
《增值税暂行条例》第二条增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐;
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品;
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物;
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜;
5.国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零;但是，国务院另有规定的除外。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。税率的调整，由国务院决定。
《增值税暂行条例》第十二条纳税人未按照本条例缴纳土地增值税的，土地管理部门、房产管理部门不得办理有关的权属变更手续。
