如果用人单位依法建立了相应合法的公司规章制度，员工违反公司的规章制度被扣工资的不违法；但如果用人单位是无故恶意克扣员工工资的行为则属于违法行为。
法律依据：
《劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动法》第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
公司盘点扣员工工资合法吗
律师回答
摘要：合法建立公司规章制度，员工违规扣工资不违法；但无故恶意克扣工资则违法。根据《劳动法》第五十条，工资应以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。根据《劳动法》第九十一条，用人单位若克扣或无故拖欠工资，劳动行政部门可要求支付工资报酬、经济补偿，并可追加赔偿金。
延伸阅读
公司盘点员工工资：法律规定与实践解析
公司盘点员工工资是一个涉及法律规定和实践的复杂问题。根据劳动法的相关规定，公司在合理的情况下可以进行盘点，但是否可以扣除员工工资需要符合特定条件。根据我国劳动法第四十一条的规定，扣除工资必须经过员工同意或者符合法律规定的情况下进行。因此，公司在盘点员工工资时应当遵循法律规定，确保合法性。同时，在实践中，公司应当与员工进行充分沟通，明确盘点的目的和理由。若公司违反法律规定或未经员工同意擅自扣除工资，员工有权利要求公司恢复工资或提起劳动争议。因此，公司在盘点员工工资时应当谨慎操作，充分了解法律规定，并与员工建立良好的沟通与合作关系，以确保合法合规。
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结语：根据《劳动法》第五十条和第九十一条的规定，如果用人单位依法建立了合法的公司规章制度并扣工资，不属于违法行为。然而，如果用人单位无故恶意克扣员工工资，则属于违法行为。因此，在公司盘点员工工资时，应遵守法律规定，确保合法性。同时，与员工进行充分沟通，明确目的和理由，以维护良好的合作关系。如公司违反法律规定或未经员工同意擅自扣除工资，员工有权要求恢复工资或提起劳动争议。因此，公司应谨慎操作，确保合法合规。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十八条 【违法解除或者终止劳动合同的法律后果】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十七条 【违反解除或者终止劳动合同的法律责任】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第三十八条 【劳动者单方解除劳动合同】用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十七条 【违反解除或者终止劳动合同的法律责任】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第三十八条 【劳动者单方解除劳动合同】用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
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