如果是深圳户籍在深圳办理港澳通行证及签注，一般需要10个工作日。如果只是办理签注，只需要7个工作日。如果是非深圳户籍在深圳办理港澳通行证及签注，首次办证一般需要30个工作日。如果只是办理签注，一般至少需要10个工作日以上。
办港澳通行证的办理流程
1.提交申请
申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。
2.数码照相
申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照(亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。
3.采集指纹
申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹(左右手大拇指)，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4.受理申请
工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人(如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明)。
5.缴纳费用
申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。
6.制作证件
受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
7.发放证件
申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件;若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
法律依据：
《出境入境管理法》第十条 中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。
