合伙企业发生股权转让行为缴纳个人所得税方法是，股权转让收人扣除合理费用后按财产转让所得的税率20%缴纳个人所得税。转让股权的价格可以双方约定，但不损害国家和第三人的合法权益。
一、合伙企业发生股权转让行为如何缴纳个人所得税合伙企业发生股权转让行为缴纳个人所得税的方式:1.个人转让股权，以股权转让收人减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得” 缴纳个人所得税，
2.个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人，
3.扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关，
4.转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入，
5.纳税人按照合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，应当作为股权转让收入。
二、股东转让股权价格如何计算只要当事人不违反法律的强制性规定，不损害国家和第三人的合法权益，法律允许股东自由确定股权转让价格。
在公司股权转让过程中，如何确定股权转让价款，在实务中常常引起争议。当前，我国《公司法》及相关法律除了对国有股权的转让估价作了限制性规定外，对于普通股权转让价格的确定并未作具体的规定。提醒您，根据意思自治原则，只要当事人不违反法律的强制性规定，不损害国家和第三人的合法权益，法律允许股东自由确定股权转让价格
三、股权转让可以撤销吗股权转让撤销有严格的法律规定，只有符合民法典规定的情形之一，才可以向法院申请撤销。
《民法典》
第一百四十七条规定，基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百四十八条规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
