1、地位不同。国务院下属组成部门和直属单位，直属单位的地位略低于组成部门。地方各级政府下属工作部门与直属单位，与国务院的组成部门与直属单位基本上存在对应的关系。
2、人事任命方法不同。国务院直属机构指的是各总局、总署，国务院有权根据需要自行决定这些部门的设立及其首长人事任免事务等事项，而无需经过人大及其常委会。这些部门不是国务院的组成部门，因此它们的的行政首长，除有特别需要时，不能参加国务院会议。
3、管理方法不同。政府部门管理机构，即部委管理的国家局，是由于有些事务需以国家名义行使，但有无必要设立直属机构，因此挂靠在某些部委下，但仍保留其国家名称。这些部门通过的行政命令不但需要成交国务院办公会或国务院常务会议审议批准，还应事先交由管辖的部委首长审议批准。
法律依据：《中华人民共和国国务院组织法》
第八条 国务院各部、各委员会的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人民代表大会决定；在全国人民代表大会闭会期间，由全国人民代表大会常务委员会决定。
第九条 各部设部长一人，副部长二至四人。各委员会设主任一人，副主任二至四人，委员五至十人。各部、各委员会实行部长、主任负责制。各部部长、各委员会主任领导本部门的工作，召集和主持部务会议或者委员会会议、委务会议，签署上报国务院的重要请示、报告和下达的命令、指示。副部长、副主任协助部长、主任工作。
第十条 各部、各委员会工作中的方针、政策有哪些、计划和重大行政举措，应向国务院请示报告，由国务院决定。根据法律和国务院的决定，主管部、委员会可以在本部门的权限内发布命令、指示和规章。
